Hướng Dẫn Doanh Nghiệp Chuẩn Bị Áp Dụng Thông Tư 99/2025/TT-BTC Từ Năm 2026

Nguyễn Khánh Thu Hằng

Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức được Bộ Tài chính ban hành ngày 27/10/2025, doanh nghiệp Việt Nam đang đứng trước một thay đổi lớn lao trong hệ thống kế toán. Văn bản này thay thế hoàn toàn Thông tư 200/2014/TT-BTC cùng các thông tư sửa đổi, bổ sung trước đó như 75/2015/TT-BTC, 53/2016/TT-BTC và 195/2012/TT-BTC, và có hiệu lực từ ngày 01/01/2026. Đây không chỉ là một cập nhật pháp lý mà còn là cơ hội để doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình tài chính, tăng cường minh bạch và hội nhập quốc tế. Tuy nhiên, để tránh những rủi ro như sai sót báo cáo hoặc phạt hành chính, doanh nghiệp cần một kế hoạch chuẩn bị kỹ lưỡng. Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết, từ lý do thay đổi đến lộ trình thực hiện, kèm theo ví dụ thực tế và lời khuyên từ chuyên gia, giúp bạn – từ SMEs đến tập đoàn lớn – sẵn sàng bước vào năm mới.

Lý Do Ban Hành Thông Tư 99: Từ Hạn Chế Cũ Đến Nhu Cầu Mới

Sau hơn một thập kỷ áp dụng Thông tư 200, hệ thống kế toán Việt Nam đã bộc lộ nhiều bất cập trong bối cảnh kinh tế số hóa, toàn cầu hóa và các cam kết hội nhập như CPTPP hay EVFTA. Các quy định cũ quá cứng nhắc, với hệ thống tài khoản cố định và mẫu biểu bắt buộc, khiến doanh nghiệp khó linh hoạt ứng phó với các mô hình kinh doanh mới như thương mại điện tử, đa tiền tệ hay tài sản sinh học trong nông nghiệp công nghệ cao. Thông tư 99 được xây dựng dựa trên Luật Kế toán 2015 (sửa đổi năm 2023) và Nghị định 29/2025/NĐ-CP, nhằm tạo khung kế toán linh hoạt hơn, tiệm cận chuẩn mực quốc tế IFRS, đồng thời nhấn mạnh kiểm soát nội bộ và ứng dụng công nghệ.

Phạm vi áp dụng rộng rãi: Tất cả doanh nghiệp thuộc mọi lĩnh vực và thành phần kinh tế, kể cả FDI, nhưng loại trừ các quy định đặc thù cho tổ chức tín dụng (áp dụng Thông tư riêng của Ngân hàng Nhà nước). Doanh nghiệp được khuyến khích tự nguyện áp dụng IFRS để nâng cao chất lượng báo cáo, đặc biệt với các công ty niêm yết hoặc có nhu cầu huy động vốn quốc tế.

Các Thay Đổi Chính: So Sánh Chi Tiết Và Ý Nghĩa Thực Tế

Thông tư 99 mang đến hơn 20 thay đổi quan trọng, tập trung vào tính linh hoạt, minh bạch và giảm gánh nặng hành chính. Dưới đây là bảng so sánh mở rộng, kèm theo ví dụ ứng dụng thực tế:

Nội dung	Thông tư 200/2014	Thông tư 99/2025	Ý nghĩa thực tế và ví dụ
Quản trị nội bộ	Không bắt buộc quy chế riêng, tập trung kiểm tra sau	Bắt buộc ban hành quy chế quản trị và kiểm soát nội bộ, nhấn mạnh phòng ngừa rủi ro	Giảm gian lận, rõ ràng trách nhiệm. Ví dụ: Một doanh nghiệp sản xuất có thể thiết kế quy chế phê duyệt chứng từ đa cấp để tránh lạm dụng quỹ.
Đơn vị tiền tệ kế toán	Chủ yếu VND, ngoại tệ cần phê duyệt riêng	Cho phép chọn ngoại tệ (USD, EUR) nếu thu-chi chủ yếu ngoại tệ; báo cáo vẫn quy đổi sang VND với tỷ giá trung bình	Hỗ trợ FDI. Ví dụ: Công ty xuất khẩu cà phê có thể dùng USD làm đơn vị chính, giảm biến động tỷ giá trong báo cáo nội bộ.
Chứng từ kế toán	Mẫu biểu cố định, ràng buộc hình thức (màu mực, số liên)	Doanh nghiệp tự thiết kế, ưu tiên chứng từ điện tử với chữ ký số và audit trail; loại bỏ quy định cứng nhắc	Tiết kiệm chi phí, tích hợp ERP. Ví dụ: Doanh nghiệp thương mại điện tử có thể tự động hóa hóa đơn qua API, giảm thời gian xử lý từ 3 ngày xuống 1 giờ.
Hệ thống tài khoản	86 tài khoản cấp 1 cố định	Rút gọn còn 71 tài khoản cấp 1; loại bỏ TK 161 (Chi sự nghiệp), 441 (Nguồn vốn kinh doanh); bổ sung TK 215 (Tài sản sinh học), TK 82112 (Thuế tối thiểu toàn cầu). Doanh nghiệp được tự sửa đổi tên/mã	Phù hợp ngành đặc thù. Ví dụ: Nông trại hữu cơ có thể tùy chỉnh TK 215 để theo dõi chi phí nuôi trồng, giúp phân tích lợi nhuận chính xác hơn.
Ghi nhận doanh thu/chi phí	Dựa trên chuyển giao rủi ro	Áp dụng "chuyển quyền kiểm soát" theo IFRS 15; ghi nhận theo tiến độ cho hợp đồng dịch vụ	Độ chính xác cao. Ví dụ: Công ty xây dựng ghi nhận doanh thu theo giai đoạn hoàn thành, tránh báo cáo lỗ đột ngột cuối năm.
Báo cáo tài chính	Bảng cân đối kế toán cố định	Đổi tên thành "Báo cáo tình hình tài chính" (mẫu B01-DN); bổ sung chỉ tiêu đầu tư ngắn hạn (124-126), thuyết minh chi tiết hơn; không bắt buộc BCTC giữa niên độ trừ quy định khác	Tăng minh bạch. Ví dụ: Doanh nghiệp niêm yết dễ so sánh với đối tác quốc tế, thu hút đầu tư.
Hàng tồn kho và TSCĐ	Phương pháp kiểm kê định kỳ, ngưỡng TSCĐ 30 triệu VND	Doanh nghiệp tự chọn phương pháp (chi phí chuẩn hoặc thực tế); tự xác định ngưỡng TSCĐ	Linh hoạt quy mô. Ví dụ: SMEs có thể đặt ngưỡng thấp hơn để phân loại dụng cụ nhỏ làm chi phí ngay, giảm khấu hao phức tạp.
Lập BCTC hợp nhất	Bắt buộc riêng cho chi nhánh	Không bắt buộc BCTC riêng cho chi nhánh; hợp nhất loại trừ giao dịch nội bộ	Giảm thủ tục. Ví dụ: Tập đoàn đa chi nhánh chỉ cần báo cáo tổng thể, tiết kiệm thời gian kiểm toán.

Những thay đổi này chuyển dịch từ "tuân thủ cứng nhắc" sang "tự chủ có trách nhiệm", yêu cầu doanh nghiệp ban hành quy chế nội bộ để đảm bảo nhất quán. Theo KPMG, các doanh nghiệp lớn sẽ hưởng lợi lớn từ việc tích hợp ERP, trong khi SMEs cần hỗ trợ đào tạo để tránh sai sót.

Thách Thức Cụ Thể Cho Các Loại Doanh Nghiệp Và Cách Khắc Phục

• Doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs): Thách thức lớn nhất là chi phí nâng cấp phần mềm và đào tạo nhân sự. Giải pháp: Sử dụng phần mềm miễn phí hoặc giá rẻ như MISA SME.NET, tham gia hội thảo miễn phí từ VACPA hoặc Bộ Tài chính. Ví dụ: Một cửa hàng bán lẻ có thể bắt đầu bằng việc mapping tài khoản thủ công trên Excel trước khi chuyển sang phần mềm.
• Doanh nghiệp FDI và xuất nhập khẩu: Cần xử lý đa tiền tệ và IFRS. Giải pháp: Ưu tiên phần mềm như SAP hoặc Oracle, thuê tư vấn quốc tế để điều chỉnh hồi tố số dư đầu kỳ.
• Doanh nghiệp ngành đặc thù (nông nghiệp, công nghệ): Tài khoản mới như TK 215 đòi hỏi kiến thức chuyên sâu. Giải pháp: Hợp tác với hiệp hội ngành để xây dựng mẫu quy chế chung.
• Tập đoàn lớn: Hợp nhất báo cáo phức tạp. Giải pháp: Áp dụng tự động hóa AI để loại trừ giao dịch nội bộ, giảm thời gian từ hàng tuần xuống hàng ngày.

Các chuyên gia từ Grant Thornton khuyên rằng, doanh nghiệp nên ưu tiên đánh giá rủi ro nội bộ ngay từ đầu để tránh phạt lên đến 100 triệu VND theo Luật Kế toán.

Lộ Trình Chuyển Đổi Chi Tiết: 8 Bước Thực Hiện Ngay

Dựa trên hướng dẫn từ Bộ Tài chính và kinh nghiệm thực tiễn, đây là lộ trình mở rộng:

1. Đánh giá hiện trạng (Tháng 12/2025): Rà soát hệ thống cũ, xác định khoảng cách (gap analysis) sử dụng công cụ miễn phí từ Thư viện Pháp luật.
2. Ban hành quy chế nội bộ (Tuần 1-2/2026): Soạn thảo quy chế hạch toán, kiểm soát rủi ro; phê duyệt bởi Ban Giám đốc.
3. Mapping tài khoản và dữ liệu: Lập bảng đối chiếu cũ-mới; điều chỉnh số dư đầu kỳ chỉ cho sai sót trọng yếu.
4. Nâng cấp công nghệ: Kiểm tra phần mềm (MISA, Fast, Bravo); cập nhật phiên bản hỗ trợ Thông tư 99. Nếu cần, đầu tư chứng từ điện tử theo Luật Giao dịch Điện tử 2023.
5. Đào tạo nhân sự: Tổ chức workshop nội bộ hoặc ngoại khóa; tập trung vào ghi nhận doanh thu mới và audit trail.
6. Kiểm thử hệ thống (Quý I/2026): Chạy song song hệ thống cũ-mới; mô phỏng báo cáo quý để phát hiện lỗi.
7. Triển khai chính thức: Áp dụng từ 01/01/2026; giám sát hàng tháng với báo cáo nội bộ.
8. Đánh giá và cải tiến (Quý II/2026): Thu thập phản hồi, điều chỉnh quy chế nếu cần; chuẩn bị cho kiểm toán năm.

Lộ trình này có thể rút ngắn nếu doanh nghiệp đã sử dụng ERP hiện đại.

Kết Luận

Thông tư 99 không chỉ giúp doanh nghiệp tránh phạt mà còn nâng cao giá trị: Minh bạch hơn dẫn đến tín dụng dễ dàng, hội nhập IFRS mở cửa vốn quốc tế, và công nghệ hóa giảm chi phí vận hành lên đến 20-30% theo ước tính của KPMG. Ví dụ: Một doanh nghiệp xuất khẩu đã áp dụng sớm có thể thu hút đối tác Mỹ nhờ báo cáo đa tiền tệ chuẩn mực.

Tài Liệu Tham Khảo

1. Bộ Tài chính. (2025). Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp. Truy cập tại: https://thuvienphapluat.vn/van-ban/Doanh-nghiep/Thong-tu-99-2025-TT-BTC-huong-dan-Che-do-ke-toan-doanh-nghiep-565484.aspx
2. KPMG Việt Nam. (2025). Thay đổi chính trong chế độ kế toán doanh nghiệp. Truy cập tại: https://kpmg.com/vn/vi/home/phan-tich-chuyen-sau/2025/11/key-changes-in-vietnamese-accounting-system-for-enterprises.html
3. Otis Minh Châu. (2025). Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp. Truy cập tại: https://otisminhchau.com/thong-tu-99-2025-tt-btc-huong-dan-che-do-ke-toan-doanh-nghiep-thay-the-thong-tu-200-2014-tt-btc-va-van-ban-sua-doi-lien-quan/
4. Thư viện Pháp luật. (2025). Toàn văn Thông tư 99/2025/TT-BTC. Truy cập tại: https://thuvienphapluat.vn/phap-luat/toan-van-thong-tu-992025ttbtc-che-do-ke-toan-doanh-nghiep-thay-the-thong-tu-200-tu-01012026-ra-sao-239165.html
5. Grant Thornton Việt Nam. (2025). Hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp Việt Nam. Truy cập tại: https://www.grantthornton.com.vn/vi/insights/t-duy-lanh-o2/thoi-diem-vang-de-chuyen-minh-va-phat-trien-but-pha-cho-doanh-nghiep-tu-nhan-vn2/